三废处理是制药厂厂房设计的重要问题，废弃物的输送及排放装置宜设置计量、采样及分析设施，废弃物在处理或综合利用过程中，如有二次污染物产生，还应采取防止二次污染的措施。因此，凡在生产过程中产生有毒有害气体、粉尘、酸雾、恶臭、气溶胶等物质，宜设计成密闭的生产工艺和设备，尽可能避免敞开式操作。如需向外排放，还应设置除尘、吸收等净化设施。各种锅炉、炉窑、冶炼等装置排放的烟气，必须设有除尘、净化设施。含有易挥发物质的液体原料、成品、中间产品等贮存设施，应有防止挥发物质逸出的措施。

化学制药厂排出的废气可分为3类:即含尘废气、含无机污染物废气和含有机污染物废气。含尘废气的处理实际上是一个气、固两相混合物的分离问题，可利用粉尘密度较大的特点，通过外力作用将其分离，含无机污染物或含有机污染物的废气则要根据所含污染物的物理性质和化学性质，通过冷凝、吸收、吸附、燃烧、催化等方法进行无害化处理。

生产装置排出的废水应合理回收重复利用，就工业废水和生活污水（含医院污水）的处理设计，应根据废水的水质、水量及其变化幅度、处理后的水质要求及地区特点等，确定最佳处理方法和流程；并按清污分流的原则根据废水的水质、水量、处理方法等因素，设计废水输送系统。拟定废水处理工艺时，应优先考虑利用废水、废气、废渣（液）等进行“以废治废”的综合治理。废水中所含的各种物质，如固体物质、重金属及其化合物、易挥发性物体、酸或碱类、油类以及余能等，凡有利用价值的应考虑回收或综合利用。另外，对于输送有毒有害或含有腐蚀性物质的废水的沟渠、底下管线检查井等的设计，必须考虑防渗漏和防腐蚀措施。

废渣（液）的处理设计应根据废渣液的数量、性质、并结合地区特点等，进行综合比较，确定其处理方法。对有利用价值的，应考虑采取回收或综合利用措施；对没有利用价值的，可采取无害化堆置或焚烧等处理措施。为了防止生产装置及辅助设施、作业场所、污水处理设施等排出的各种废渣（液）以任何方式排入自然水体或任意抛弃，在对制药厂的工艺进行设计时必须设计收集与输送系统方式。诸如，输送含水量大的废渣和高浓度时，应采取措施避免沿途滴洒；有毒有害废渣、易扬尘废渣的装卸和运输，应采取密闭和增湿等措施，防止发生污染和中毒事故。